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A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Qui 24 Dez 2009, 00:34

Gostaria só de referir que alguns termos usados no Index fungorum são, no mínimo, de considerar com precaução. Relembro que existe um local próprio para determinar a validade e correcção dos nomes e que esse local não é o Index fungorum, apesar do enorme contributo que um elenco deste calibre proporciona.

O facto de terem sido publicados estudos com novos nomes ou novas combinações (por exemplo, os novos géneros que poderão resultar da desagregação do género Collybia - Gymnopus, Rhodocollybia, Collybia sensu strictu - como sugerido por Antonin e Noordeloos) não significa que estes passem, automaticamente, a ser válidos. O mesmo se passa com o género Coprinus, que vários estudos genéticos revelaram tratar-se, na realidade, de 4 géneros distintos (Coprinus sensu strictu, Coprinellus, Coprinopsis e Parasola), inclusivamente pertencendo a famílias distintas (Coprinus sensu stricto, que inclui apenas Coprinus comatus e mais uma ou duas espécies, pertence à família Agaricaceae enquanto as restantes estão incluidas na família Strophariaceae, salvo erro). Na minha opinião, é pouco útil e potencialmente confuso trocar nomes bem estabelecidos por outros novos ou menos conhecidos (Leccinum por Leccinellum, por exemplo) sem existir um sancionamento por quem de direito. Creio que, neste aspecto, deveriamos ter uma perspectiva conservadora e manter Leccinum, Collybia (eventualmente com a indicação entre parêntesis do novo género, uma vez que alguma pesquisa na net já nos vai trazendo os novos nomes), Coprinus, etc.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Sex 25 Dez 2009, 01:19

Impressionante lista, parabéns!

Sobre o papel do Index fungorum, discordo do Pedro. Podem parecer abstrusas as novidades da nomenclatura de cogumelos, mas são a consquência directa do avanço no conhecimento da diversidade a nível genético, que torna bastante objectiva a classificação. É essa a realidade que a Micologia tem tido de encarar nos anos mais recentes, o meu vaticínio é que a "poeira" irá assentar dentro de pouco tempo, talvez mais um par de anos para os Basidiomycota. O que será necessário é aprender a "traduzir" os nomes dos guias e obras de referência para as novas designações.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Sex 25 Dez 2009, 02:10

É ideia corrente, por exemplo, no fórum Micologia Europaei (do qual fazem parte, basicamente, todos os grandes micólogos europeus mais uma série de investigadores na área com diversas publicações e ainda mais uns quantos amadores bastante capazes), gerido por Jacques Melot, que o Index Fungorum anda à frente das decisões dos congressos de Micologia relativamente aos nomes a adoptar. Ou seja, o Index Fungorum tem uma perspectiva demasiado progressista em relação à nomenclatura, não suportada pelas decisões de quem de direito. Não me parece que baste a publicação de um estudo, por muito válido que seja, para que um novo nome seja automaticamente aceite, ainda para mais porque há questões não estritamente científicas a considerar, como por exemplo é feito no primeiro volume da Flora Agaricina Neerlandica para justificar determinadas decisões nomenclaturais - e os nomes por trás desta obra são referências absolutas a nível mundial: Bas, Noordeloos, Kuyper, Velinga...

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estudo A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Mycota Sex 25 Dez 2009, 13:57

Todos sabemos que a Vida é um continuum de diversidade e riqueza que para ser inteiramente compreendida o Homem tem de recorrer às clássicas questões sobre a origem e razões da existência, do Universo. Campos estes, onde não só a Ciência, mas também a Filosofia e Religião entram.

Através da Ciência o Homem optou por categorizar e artificialmente dividir os fenómenos observados de acordo com determinados critérios, que por definição, seriam o mais isentos possíveis.

Na Taxonomia, a separação da Vida em Filos, Ordens, Famílias, Géneros, Espécies e outros, é um processo de índole Humana e forçosamente imperfeito, sujeito a constantes aperfeiçoamentos. Por exemplo, saiba-se que Amanita muscaria fora em tempos chamada de Agaricus muscarius.

Apesar de com o evoluir da tecnologia, os meios para estudar a Filogenia e Taxonomia terem "melhorado", o que é facto é que ainda nada nos garante que amanhã Amanita muscaria não será apelidado de Auricularia spiritus (apesar de difícil).


Então a pergunta surge, para nós que gostamos e estudamos cogumelos, qual é o nome correcto a aplicar? Se diferentes micólogos chamam diferentes nomes, qual o nome mais correcto que poderemos usar? Quais os critérios de nomenclatura? Quem (se alguém) tem o real poder de bater com o martelo de madeira e dizer "é este o nome do cogumelo!"?


Desejo um bom debate e que se debata mais uma vez dentro dos valores universais do respeito, cordialidade, objectividade etc.


Cumprimentos
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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Ter 29 Dez 2009, 10:52

Deixo o que considero debate para outra mensagem, para já importa tentar esclarecer algumas coisas.

1º A Biologia tenta classificar segundo um sistema natural de parentescos filogenéticos.

2º A classificação (Sistemática) complementa-se a partir de duas actividades de cariz muito diferente: a Taxonomia, que define os grupos de organismos, começa pela descrição, continua pela validação, e finalmente passa ao agrupamento hierárquico; e a Nomenclatura, que procura determinar quais os nomes correctos a atribuir, tendo em conta a respectiva taxonomia, a precedência dos nomes e dos autores, e a forma (morfologia gramatical latina) a utilizar. Tarefas muito distintas.

No aspecto da Nomenclatura, o Index Fungorum é quase absolutamente exemplar (quase, porque é humanamente impossível evitar erros pontuais, muitíssimo pontuais de resto). Mais: fornece informações não só muito instrutivas sobre o percurso nomenclatural duma determinada espécie (vejam por exemplo Chlorophyllum rhacodes) como constitui uma fonte inestimável de esclarecimento do uso correcto dos nomes. Ou, posto doutra maneira, é no Index Fungorum que os que trabalham em Micologia procuram uma fonte segura onde orientarem-se na enorme confusão de nomes que existem. Só não o usa quem não quer, mas isso fica para o debate.

As reacções contra as revoluções na Taxonomia (e resultantes alterações de Nomenclatura) que têm tido lugar nos últimos 10 anos na Micologia, por via dos estudos moleculares, são tudo menos científicas. Tudo o que o Index Fungorum está a fazer é reflectir, numa plataforma acessível a todos (uma bênção para este PREC na Micologia, daí a sua popularidade!), o que se tem aprendido com estes estudos. Até acho que leva tempo demais a fazê-lo.

Se há cientistas que não querem aprender, então cabe recomendar-lhes que ganhem alguma humildade; quanto aos amadores, podem recusar-se a aceitar, não se lhes exige a mesma responsabilidade no uso dos nomes, excepto quando publicitam os seus achados. E é por esta última razão que digo que só lhes faz bem adoptarem a nomenclatura corrente -- quanto mais não seja, porque até beneficiem duma certa flexibilidade no processo.



Um exemplo

Um dos exemplos mais emblemáticos é o do género Coprinus: as espécies e eventuais subespécies, variedades, etc., no que antigamente (pré-2001) se designava por Coprinus continuam a existir, não mudaram elas próprias, e isso atestam os epítetos (específico e infra-específico). O que aconteceu foi mudarem de nome genérico (na maior parte dos casos) e a família onde estavam reunidas, Coprinaceae, desapareceu. Porquê? Porque as regras de nomenclatura, que são consensuais na Biologia, assim o exigem, desde que se verificou que, em termos de parentescos filogenéticos, que é o critério universal para a classificação científica, o género Coprinus como era definido anteriormente era polifilético.

Artigo de Redhead et al. 2001

Polifilético quer dizer que inclui organismos com origens filogenéticas inconsistentes, o que contradiz o objectivo da classificação. No caso, havia espécies com afinidades por membros de um grupo muito diferente (família Agaricaceae, onde foram colocados o Coprinus comatus e parentes mais próximos, ainda é um total de 22 espécies se não me engano!), enquanto os restantes mantinham um parentesco com os Psathyrella, mas no processo foram reclassificados: passaram a reconhecer-se os géneros Parasola, Coprinopsis e Coprinellus, e o desaparecido Pseudocoprinus distribuiu-se pelos Parasola e Coprinellus. Tudo isto fiquei a saber pelo Index Fungorum, diga-se de passagem!

Haveria várias soluções alternativas, mas a que foi adoptada (e note-se que a proposta de reclassificação já leva 8 anos de existência!) é a que menos violenta as regras nomenclaturais. Coprinus comatus, que era a espécie-tipo do género-tipo da família Coprinaceae, mudou para as Agaricaceae, e como era a espécie-tipo mantinha o nome do género (visto que se mantinha separado de outros géneros das Agaricaceae). Por isso todos os outros coprinóides (termo que continua a ser válido nas descrições) tinham de passar a ter outros nomes, e a família, abarcando o que restava das Coprinaceae, tinha também de ter um novo nome; escolheram como género-tipo aquele que, junto com os antigos Coprinus, maior proeminência tinha, Psathyrella. Daí terem nascido as Psathyrellaceae.

Tudo muito dentro da lógica e tradição da Nomenclatura botânica (que é a que se aplica nos fungos). E é o que tem acontecido com a generalidade das revisões que aparecem no Index Fungorum, tanto quanto sou capaz de dizer.

É claro que isto incomoda a generalidade dos micologistas, mas todos sabem como funcionam as regras, e não precisam de eternidades para compreenderem os argumentos propostos pelos autores da revisão taxonómica e nomenclatural. Se para cada revisão taxonómica e nomenclatural se tivesse de fazer um congresso de especialistas do grupo em causa, havia de ser bonito! As coisas funcionam doutra maneira: quem tem de reagir, tem tempo para fazê-lo (vejam por exemplo, e há mais, a primeira página dum artigo de 2001, na mesma revista). O Index Fungorum assume, e muito bem, que na ausência de críticas verdadeiramente sustentadas, ou melhores alternativas, a revisão é aceite consensualmente.

Um dos maiores problemas neste exemplo reside em que o Coprinus comatus nunca devia ter sido escolhido como espécie-tipo para o género, afinal era uma excepção morfológica em todo o grupo pela consistência do pé e sobretudo por este apresentar anel. Mas a tradição era essa, e se há coisa que a Nomenclatura respeita imenso é a tradição. E bem, a meu ver. O facto de ser imperfeita atesta o que é a sinuosidade do progresso científico. Também isso é valioso ter em mente.

Já agora, não faz sentido nenhum falar de "Coprinus sensu lato". Mais vale usar o termo coprinóide.

Sobre o caso da redefinição do género Coprinus, recomendo vivamente as seguintes leituras:

  • Tom Volk
  • Psathyrellaceae (Wikipedia)
  • Artigo de Else Vellinga com uma filogenia das Agaricáceas
  • Mais geral
Desde já agradeço se alguém arranjar o PDF do artigo:
Redhead, S. A. 2000. Bully for Coprinus: a story of manure, minutiae, and molecules. McIlvainea 14(2): 5-14. Ao que parece foi corrigido em Field Mycology 2(2001) 118-126.


Última edição por Loco Gato em Seg 30 Abr 2012, 13:03, editado 2 vez(es) (Motivo da edição : actualizado o endereço da referência de Velliga)

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Ter 29 Dez 2009, 17:19

O Paulo já expôs muito bem os argumentos pró-Index Fungorum, que eu respeito e com os quais concordo na generalidade. Mas continuo a ter um entendimento diferente: não compete ao Index Fungorum definir como 'nome correcto' x, y ou z.

Por exemplo: baseado em que pressupostos definia até há pouco tempo como correcto o nome Cantherellus aurora para a espécie que foi sancionada por Fries (e, portanto, indo contra as próprias regras do Código Internacional de Nomenclatura Botânica) e que desde sempre se designou como Cantharellus lutescens? Para contextualizar, a polémica surgiu quando em 1991 o sr. Kuyper desencantou uma descrição de uma espécie descrita por Batsch em 1783 e que ele interpretou como sendo a mesma que era designada desde 1821 (data da publicação por Fries) por Cantharellus lutescens. Como a descrição era anterior (1783 versus 1821), esse deveria ser o nome a adoptar para esta espécie não fosse o trabalho de Fries uma obra sancionatória e, por isso, prioritária! Mais, o nome que é apontado como correcto actualmente para esta espécie é Cratherellus lutescens, ou seja, houve uma mudança no género (presumo que fruto dos trabalhos de Guy Eyssartier que não conheço) - e não é essa a questão, mas sim a continuação da utilização do epíteto 'lutescens', em contradição com o que havia sido assumido anteriormente com 'Cantharellus aurora', mas finalmente de acordo com o C.I.N.B.!!! Por fim, num dos últimos congressos internacionais de Botânica, foi declarado que C. lutescens seria nomen conservandum contra C. aurora, para evitar mais mudanças sem sentido no nome desta espécie.

Outra questão: pode um trabalho, mesmo que muito bem fundamentado, virar do avesso a nomenclatura existente? Pode algum trabalho ser 'mais válido' do que outro? Neste caso, parece-me que o seguimento que é dado ao trabalho pelos restantes micólogos é que deve aferir a utilização da nomenclatura proposta por cada trabalho. Por isso o sistema de Fries é tido como a base, os trabalhos de Quélet ao nível da microscopia redefeniram muitos géneros, a utilização dos reagentes fizeram surgir novos géneros e, agora, a investigação ao nível do ADN ainda mais. Mas nada justifica o papel de referência auto-assumido pelo Index Fungorum, antecipando-se muitas vezes a quem de direito!

Não contesto a utilidade do Index Fungorum (que é enorme e que eu utilizo amiúde para perceber a 'história' de um nome, por exemplo) nem a sua validade global, mas nenhuma fonte de informação se pode sobrepôr, primeiro, ao C.I.N.B., e, depois, às decisões dos diferentes congressos internacionais de Botânica - estes sim, com capacidade para definir que nomes são válidos ou não. Compreendo que a Micologia é uma ciência e, como tal, em permanente evolução e mudança e longe de mim assumir qualquer papel de velho do restelo! Mas continuo a achar (e, muito mais capacitados do que eu para emitir um juízo fundamentado, alguns dos mais eminentes micólogos europeus também) que o Index Fungorum é uma fonte de informação a ser usada com precaução e não como A bíblia da nomenclatura dos fungos.

Para terminar, eu nunca usei o termo Coprinus sensu lato; usei o termo Coprinus sensu stricto para designar as espécies que, segundo o trabalho de Vilgalys et. al., continuariam a ser colocadas neste género (e que o Index Fungorum continua a considerar como quase todas - basta pesquisar 'Coprinus' para se ver que poucas viram a nomenclatura actualizada e, por isso, sobressai a pergunta "porquê só algumas?" e também as minhas reservas em relação a este site) - e penso que de forma adequada. Por outro lado, há um trabalho de Vilgalys et al. que se intitula "Coprinus Pers. and the disposition of Coprinus species sensu lato.". Taxon 50 (1): 203–41. e que talvez justifique a utilização do termo Coprinus sensu lato para designar as espécies anteriormente colocadas neste género, até porque se realmente a definição de Coprinus comatus como espécie tipo do género Coprinus não faz muito sentido, também não faz sentido usar o termo coprinóide que, invariavelmente, nos reencaminha para Coprinus comatus. Talvez 'espécies com lâminas deliquescentes' seja mais correcto (e apenas para algumas espécies).

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Ter 29 Dez 2009, 19:05

Não percebi lá muito bem o texto sobre o Craterellus lutescens. O Index fungorum tem o seguinte registo para esta espécie:

Current Name:
Craterellus lutescens (Fr.) Fr., Epicr. syst. mycol. (Upsaliae): 532 (1838) [1836-1838]
Synonymy:
Agaricus aurora Batsch, Elench. fung. (Halle): 93 (1783)
Cantharellus aurora (Batsch) Kuyper, Riv. Micol. 33(3): 249 (1991) [1990]
Cantharellus infundibuliformis var. tubiformis (Schaeff.) Maire, Fungi Catalaunici: Contributions à l'étude de la Flore Mycologique de la Catalogne: 44 (1933)
Cantharellus lutescens Fr., Syst. mycol. (Lundae) 1: 320 (1821)
Cantharellus lutescens Fr., Syst. mycol. (Lundae) 1: 320 (1821) f. lutescens
Cantharellus lutescens Fr., Syst. mycol. (Lundae) 1: 320 (1821) var. lutescens
Cantharellus xanthopus (Pers.) Duby, Bot. Gall., Edn 2 (Paris) 2: 799 (1830)
Craterellus tubaeformis (Schaeff.) Quél., Fl. mycol. (Paris): 36 (1888)
Helvella tubaeformis Schaeff. [as 'Elvela'], Fung. Bavar. Palat. 2: tab. 157 (1763)
Merulius tubaeformis (Schaeff.) Pers., Comm. Schaeff. Icon. Pict.: 62 (1800)
Merulius xanthopus Pers., Mycol. eur. (Erlanga) 2: 19 (1825)

Synonymy Contributor(s):
IMI (2009)


Desde sempre (Cantharellus lutescens)? Logo em 1838 foi o próprio Fries quem alterou para o nome actual. Só que durante muito tempo se achou que o género correcto era Cantharellus (questão de Taxonomia), e por isso esse nome não seria tido como válido (questão de Nomenclatura). Como se verificou que afinal pertencia ao género Craterellus (questão de Taxonomia), então a designação mais antiga é Craterellus lutescens (questão de Nomenclatura). Não vejo onde está o problema.

Outra questão: pode um trabalho, mesmo que muito bem fundamentado, virar do avesso a nomenclatura existente? Pode algum trabalho ser 'mais válido' do que outro?
Às duas questões, a resposta é sim. Se um e outro aproximarem mais da verdade científica, sem dúvida.

eu nunca usei o termo Coprinus sensu lato; usei o termo Coprinus sensu stricto para designar as espécies que, segundo o trabalho de Vilgalys et. al., continuariam a ser colocadas neste género
Não me referia ao uso que o Pedro faz, mas sim ao que se vê escrito por aí. Mas se há sensu stricto, está implícito o sensu lato. Quis apenas fazer uma recomendação, pois Coprinus atramentarius (que cabe no "lato") é um nome incorrecto. O trabalho de Redhead et al. (referido) foi o que recomendou a reclassificação, e seria na altura uma grande ousadia assumir que as recomendações que eram feitas seriam automaticamente aceites, por isso (no contexto de 2001) fazia sentido usar sensu lato. Hoje, quando o género Coprinus está restrito a cerca de 22 espécies definidas à volta do C. comatus, já não faz sentido. E é interessante o que Redhead escreveu em 2000:

Do we suggest that you run out and adopt these names immediately? No! Be conservative initially, especially in field guides. If taken up by authors in field guides, they should be taken up cautiously with caveats attached, at least for the next few years while the data accumulate and the theories are tested. Molecular systematics is beyond the infancy stage but it is still just a toddler.

Aqui está um bom exemplo de humildade, sim senhor. O facto de as propostas do trabalho que eles fizeram estarem no Index Fungorum é sinal que se aguentaram perante o teste do tempo, e nomeadamente foram aprovados no ICBN (noutra mensagem, que estava entretanto a preparar, eu irei falar sobre isso, e fá-lo-ei com maior detalhe).

Coprinóide é correcto, não remete apenas a C. comatus mas a espécies de pelo menos 4 géneros, mas usa quem quiser.

Entretanto, parece que o género Psathyrella também está em riscos de grandes revoluções. Transcrevo o resumo dum artigo de 2008 (Mycological Research 112: 1153-1164):

Martina Vašutová, Vladimír Antonín, Alexander Urband. Phylogenetic studies in Psathyrella focusing on sections Pennatae and Spadiceae — new evidence for the paraphyly of the genus. The sections Pennatae and Spadiceae were chosen to test the agreement of current infrageneric classifications of Psathyrella (Psathyrellaceae, Agaricales) with molecular phylogenetic data and to evaluate the systematic significance of relevant morphological characters. The ITS and partial LSU regions of nu-rDNA from 53 specimens representing 34 species of Psathyrella were sequenced and analysed with parsimony-based and model-based phylogenetic methods. According to our analyses, the sections Pennatae and Spadiceae are polyphyletic and distributed across the family Psathyrellaceae, which is divided into at least five major groups. The first one comprises most of the included Psathyrella species and, probably, the whole genus Coprinellus. The second group is made up of Psathyrella gossypina and P. delineata. The third clade consists of the genus Coprinopsis and includes Psathyrella aff. huronensis and P. marcescibilis. The fourth clade is composed of two sister groups, the subgenus Homophron and the genus Lacrymaria, and the fifth group represents the genus Parasola including Psathyrella conopilus. These results are in agreement with neither the current circumscription of the two subgenera, Psathyra and Psathyrella, nor with the pre-sent disposition of the Psathyrellaceae. Taxonomically important morphological characters in the genus Psathyrella show a high degree of homoplasy. Although these characters are useful for species delimitation, and in some cases for the circumscription of sections, they appear insufficient for a phylogenetically correct generic concept.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Qua 30 Dez 2009, 00:06

Loco Gato escreveu:Não percebi lá muito bem o texto sobre o Craterellus lutescens. O Index fungorum tem o seguinte registo para esta espécie:

[zip]

Desde sempre (Cantharellus lutescens)? Logo em 1838 foi o próprio Fries quem alterou para o nome actual. Só que durante muito tempo se achou que o género correcto era Cantharellus (questão de Taxonomia), e por isso esse nome não seria tido como válido (questão de Nomenclatura). Como se verificou que afinal pertencia ao género Craterellus (questão de Taxonomia), então a designação mais antiga é Craterellus lutescens (questão de Nomenclatura). Não vejo onde está o problema.

O problema está nos vários anos que o Index Fungorum apresentou Cantharellus aurora como nome correcto (baseado em quê???), o que me levou a colocar uma pergunta sobre esse assunto no fórum Mycologia Europaea e, nessa altura, creio que precisamente o Guy Eyssartier, respondeu que esse assunto seria levado ao seguinte congresso internacional de Botânica e que esperava que o epíteto Cantharellus lutescens fosse considerado nomen conservandum - o que, aparentemente acabou por acontecer.

Outra questão: pode um trabalho, mesmo que muito bem fundamentado, virar do avesso a nomenclatura existente? Pode algum trabalho ser 'mais válido' do que outro?
Às duas questões, a resposta é sim. Se um e outro aproximarem mais da verdade científica, sem dúvida.

Então uso o exemplo anterior (Cantharellus lutescens vs. Cantharellus aurora) para contrapor. O que aproximou mais da verdade científica a clara precipitação na adopção de um epíteto que, num congresso internacional de Botânica acabou por ser rejeitado? Não seria mais ajuizado manter o epíteto usado há mais de 150 anos (desde 1821, aquando da descrição de Fries, mais tarde considerada sancionamento) e evitar uma confusão perfeitamente desnecessária? E este é apenas um exemplo bastante óbvio; quantos mais nomes considerados correctos pelo I.F. estarão precipitadamente definidos como tal?

eu nunca usei o termo Coprinus sensu lato; usei o termo Coprinus sensu stricto para designar as espécies que, segundo o trabalho de Vilgalys et. al., continuariam a ser colocadas neste género
Não me referia ao uso que o Pedro faz, mas sim ao que se vê escrito por aí. Mas se há sensu stricto, está implícito o sensu lato. Quis apenas fazer uma recomendação, pois Coprinus atramentarius (que cabe no "lato") é um nome incorrecto. O trabalho de Redhead et al. (referido) foi o que recomendou a reclassificação, e seria na altura uma grande ousadia assumir que as recomendações que eram feitas seriam automaticamente aceites, por isso (no contexto de 2001) fazia sentido usar sensu lato. Hoje, quando o género Coprinus está restrito a cerca de 22 espécies definidas à volta do C. comatus, já não faz sentido. E é interessante o que Redhead escreveu em 2000:

Do we suggest that you run out and adopt these names immediately? No! Be conservative initially, especially in field guides. If taken up by authors in field guides, they should be taken up cautiously with caveats attached, at least for the next few years while the data accumulate and the theories are tested. Molecular systematics is beyond the infancy stage but it is still just a toddler.

Aqui está um bom exemplo de humildade, sim senhor. O facto de as propostas do trabalho que eles fizeram estarem no Index Fungorum é sinal que se aguentaram perante o teste do tempo, e nomeadamente foram aprovados no ICBN (noutra mensagem, que estava entretanto a preparar, eu irei falar sobre isso, e fá-lo-ei com maior detalhe).

Neste caso, a rápida adopção pelo I.F. (se bem recordo, os novos géneros já constam do I.F. desde há muitos anos) foi 'visionária'; noutros casos continua a ser precipitada e, mais tarde, acaba por ser contraproducente. E volto a questionar: se os trabalhos que merecem ser tidos em consideração acabam mais tarde por ser 'sancionados' em sede própria, não seria mais cauteloso por parte do I.F. assumir esses nomes apenas após essa aceitação por quem de direito? Sinceramente, parecer-me-ia uma atitude muito mais sensata. E a sensatez e humildade de Redhead parece não ter muito impacto na actuação do I.F. E, comentando as palavras de Redhead, continuo a ver trabalhos mais ou menos recentes ainda com a designação Coprinus aplicada a todas as espécies 'coprinóides' (8 anos volvidos desde a publicação do trabalho de Redhead, Vylgalis, et. al) e também Collybia a todas as espécies agora dispersas por Collybia, Gymnopus e Rhodocollybia (mais de 10 anos volvidos sobre o trabalho de Noordeloos e Antonin).

E para desmistificar qualquer ideia de que eu sou mesmo um velho do restelo, creio que fui eu quem primeiro fez referência aqui no fórum à divisão do género Coprinus e também do género Collybia (após trabalho de Noordeloos e Antonin).

Entretanto, parece que o género Psathyrella também está em riscos de grandes revoluções. Transcrevo o resumo dum artigo de 2008 (Mycological Research 112: 1153-1164):

Martina Vašutová, Vladimír Antonín, Alexander Urband. Phylogenetic studies in Psathyrella focusing on sections Pennatae and Spadiceae — new evidence for the paraphyly of the genus. The sections Pennatae and Spadiceae were chosen to test the agreement of current infrageneric classifications of Psathyrella (Psathyrellaceae, Agaricales) with molecular phylogenetic data and to evaluate the systematic significance of relevant morphological characters. The ITS and partial LSU regions of nu-rDNA from 53 specimens representing 34 species of Psathyrella were sequenced and analysed with parsimony-based and model-based phylogenetic methods. According to our analyses, the sections Pennatae and Spadiceae are polyphyletic and distributed across the family Psathyrellaceae, which is divided into at least five major groups. The first one comprises most of the included Psathyrella species and, probably, the whole genus Coprinellus. The second group is made up of Psathyrella gossypina and P. delineata. The third clade consists of the genus Coprinopsis and includes Psathyrella aff. huronensis and P. marcescibilis. The fourth clade is composed of two sister groups, the subgenus Homophron and the genus Lacrymaria, and the fifth group represents the genus Parasola including Psathyrella conopilus. These results are in agreement with neither the current circumscription of the two subgenera, Psathyra and Psathyrella, nor with the pre-sent disposition of the Psathyrellaceae. Taxonomically important morphological characters in the genus Psathyrella show a high degree of homoplasy. Although these characters are useful for species delimitation, and in some cases for the circumscription of sections, they appear insufficient for a phylogenetically correct generic concept.

Sem dúvida que os estudos genéticos vieram dar grande impulso à sistemática e à nomenclatura dos fungos. Em alguns casos, limitou-se a confirmar o que já havia sido feito (género Amanita); noutros casos, como os supracitados Coprinus, Collybia e Psathyrella (este último que eu desconhecia), veio revolucionar a forma como se devem encarar as divisões feitas ao gosto dos homens. E ainda há mais, como o trabalho realizado por Noordeloos que agregou a família Strophariaceae em apenas dois géneros, por exemplo, embora não tenha a certeza de como estão as coisas a respeito deste trabalho, uma vez que deixei de ver referências a Psilocybe fasciculare...

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Qua 30 Dez 2009, 01:32

Pedro Claro escreveu:O problema está nos vários anos que o Index Fungorum apresentou Cantharellus aurora como nome correcto (baseado em quê???)
Aparentemente, baseado no trabalho de Kuyper, que usava como basiónimo a mais antiga designação, Agaricus aurora. Mas há uma regra da taxonomia relativa à validade de um nome: requer uma descrição diagnosticante e reprodutível, entre outras minudências. Não faço ideia do debate que a comissão de nomenclatura terá feito, mas a conservação do nome dado pelo Fries não é tão automática quanto isso; é possível que os argumentos de Kuyper não justificassem a repescagem do epíteto aurora, por exemplo se a publicação de Batsch não tiver sido considerada válida. Os motivos da decisão do ICBN interessam pouco para aqui, o que interessa é a idoneidade do Index Fungorum. Ora este exemplo refere-se afinal ao epíteto (não tinha percebido inicialmente), e o Index Fungorum reflecte aquilo que ficou decidido consensualmente (lutescens), por isso continuo a dizer: não vejo o problema! (nem sequer antes de decidirem conservar o lutescens). Em cada momento há um consenso, e o Index Fungorum reflecte-o dentro das possibilidades de quem faz a sua cura. É só. Quanto a estar agora em vigor a autoridade de 1838, como já disse antes tem a ver com a mudança de género (salvo seja!).

Sobre as questões de autoridade na Nomenclatura Micológica tenciono tratar noutra mensagem que continua adiada.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Qua 30 Dez 2009, 12:08

Loco Gato escreveu:
Pedro Claro escreveu:O problema está nos vários anos que o Index Fungorum apresentou Cantharellus aurora como nome correcto (baseado em quê???)
Aparentemente, baseado no trabalho de Kuyper, que usava como basiónimo a mais antiga designação, Agaricus aurora. Mas há uma regra da taxonomia relativa à validade de um nome: requer uma descrição diagnosticante e reprodutível, entre outras minudências. Não faço ideia do debate que a comissão de nomenclatura terá feito, mas a conservação do nome dado pelo Fries não é tão automática quanto isso; é possível que os argumentos de Kuyper não justificassem a repescagem do epíteto aurora, por exemplo se a publicação de Batsch não tiver sido considerada válida. Os motivos da decisão do ICBN interessam pouco para aqui, o que interessa é a idoneidade do Index Fungorum. Ora este exemplo refere-se afinal ao epíteto (não tinha percebido inicialmente), e o Index Fungorum reflecte aquilo que ficou decidido consensualmente (lutescens), por isso continuo a dizer: não vejo o problema! (nem sequer antes de decidirem conservar o lutescens). Em cada momento há um consenso, e o Index Fungorum reflecte-o dentro das possibilidades de quem faz a sua cura. É só. Quanto a estar agora em vigor a autoridade de 1838, como já disse antes tem a ver com a mudança de género (salvo seja!).

Sobre as questões de autoridade na Nomenclatura Micológica tenciono tratar noutra mensagem que continua adiada.

Temos uma opinião diferente em relação ao assunto, uma vez que, no meu entender, o Index Fungorum:

a) assumiu um epíteto que não poderia ser considerado como válido (o sancionamento de Fries é automático em relação a sinónimos validamente publicados anteriormente);
b) fê-lo criando, a meu ver, uma confusão desnecessária porque colocou em causa a correcta designação de um termo usado há mais de 150 anos.

A questão que me ocorre, e que nada tem a ver com o I.F. é: qual o interesse de repescar um sinónimo anterior a um epíteto já sancionado, uma vez que, segundo o actual código botânico, com o sancionamento de Fries não haveria qualquer hipótese desse nome ser considerado prioritário?

Quanto à mensagem sobre a nomenclatura micológica, creio que será mais uma informação de extrema utilidade para se compreender as mudanças que ocorrem nos nomes dos fungos e fico a aguardá-la com expectativa.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Qua 30 Dez 2009, 21:48

A questão da autoridade

A autoridade duma revisão nomenclatural é o autor, ou conjunto de autores, proponente(s). É isso que significam os nomes que estão associados ao binómio de uma espécie, mas também ao de famílias, géneros, etc..

Há a questão de ela ser reconhecida em geral (e para isso há uma comissão "curadora" da nomenclatura que estuda essas propostas, e as submete ao Congresso Internacional de Botânica para ratificação), além do que há a questão de serem necessárias modificações à proposta.

O Index Fungorum, extensão online do Dictionary of Fungi, que por sua vez é a obra de referência para a terminologia, incluindo nomenclatura de nomes latinos, não pretende em geral andar "adiantado" em relação a estas decisões (como disse, em minha opinião até demora demasiado, o que no entanto aceito como é óbvio), embora possa, pelo prestígio e substância das propostas que são feitas, consagrá-las provisoriamente. O ICBN reúne de seis em seis anos, no PREC da Sistemática de Fungos isso é um intervalo insustentável!

E duvido que estas antecipações seja feitas sem consultas extensas com os especialistas. E mesmo que o sejam pontualmente, ou uma determinada opção venha a ser contrariada a posteriori, são imperfeições mínimas face à imensa utilidade que este recurso constitui. A evidente vantagem de constituir uma referência online é reduzir os custos e desperdício que constituiriam actualizar ao mesmo ritmo em formato de livro, ou em fascículos, ou semelhante, todas as alterações. E nos anos que temos vivido, e ainda alguns por vir certamente, esta prontidão de resposta é de grande importância para chamar a atenção para as mudanças que surgem. Na minha opinião, as imperfeições e erros que aparecem não lhe retiram o significado geral de referência primeira e principal para a resolução de problemas sobre a Sistemática dos Fungos. E Paul Kirk está atento a todas as sugestões ou reparos que lhe sejam feitos via email, está lá à vista de todos para participarem. Eu próprio já lhe assinalei vários detalhes e ele agradeceu e corrigiu a maior parte deles. Aqueles que não corrigiu, talvez fosse por não ser uma alteração consensual (cf. Macrolepiota venenata, abaixo).

Basta ler a página de entrada do Index Fungorum para ver em que se suporta e por que linhas se rege:

http://indexfungorum.org/

Sobre a Index Fungorum Partnership (principais instituições envolvidas)
http://indexfungorum.org/Names/IndexFungorumPartnership.htm
CABI - http://www.cabi.org/
CBS - http://www.cbs.knaw.nl/
Landcare Research - http://www.landcareresearch.co.nz/
International Mycological Association - http://www.ima-mycology.org/

Os recursos CABI que o Index Fungorum disponibiliza são:
Index of Fungi (espécies)
http://www.cabi.org/default.aspx?site=170&page=1016&pid=514
Bibliography of Systematic Mycology (citações)
http://www.cabi.org/default.aspx?site=170&page=1016&pid=515
Dictionary of Fungi (na parte dos nomes)
http://www.cabi.org/cabipages/bk_BookDisplay.asp?PID=2112

O Index Fungorum depende da CAB International, e esta presumo que não publica senão o que o for o consenso dos botânicos/micologistas. Repito, a versão online pode errar ocasionalmente, mas face à imensa riqueza de informações rigorosas que fornece, acho que as críticas que tenho visto, onde eventualmente se justifiquem, são fazer tempestade num copo de água.

Ou dito de outra maneira: eu confio no Index Fungorum como referência primária para tudo o que eu necessito em Sistemática de Fungos, e exorto todos (incluindo o Pedro) a que adoptem o mesmo ponto de vista.

Há ainda mais recursos, por exemplo descobri agora o Libri Fungorum (http://194.203.77.76/LibriFungorum/) que permite centralizar a disponibilidade de meios bibliográficos antigos, suponho que não só os da Cyberliber (http://www.cybertruffle.org.uk/cyberliber/).

Sobre as outras autoridades

Deveria lembrar-se uma coisa: a citação da Flora Agaricina Neerlandica data de 1988, altura em que tudo parecia andar bem na sistemática da Micologia, apesar dos óbvios desconfortos com grupos reconhecidamente artificiais como os Deuteromycota ou os Gasteromycetes (ambos já desaparacidos, felizmente). A perspectiva que então se tinha desapareceu por completo no seio dos taxonomistas de maior renome.

Quanto ao fórum Mycologia Europaea, inscrevi-me nele e fui aceite hoje; devo dizer que até vi muitas afirmações reverenciando o Index Fungorum, pois para quem precisa de saber da sistemática de fungos não há melhor recurso, com o rigor possível, a autoridade necessária e a actualização que mais nenhum tem.

Liberdades

Quando recentemente elaborei umas chaves do género Xerocomus comecei por hesitar: então não devia chamar-lhe chave de Boletus (xerocomóides)? Quando consultamos o Index Fungorum para o género Xerocomus, o nome recomendado é Boletus, e a maior parte dos nomes estão sinonimizados para o género Boletus (Boletus armeniacus, Boletus ferrugineus, etc.). Já é assim pelo menos desde 2006. Mas eu usei como base uma obra mais antiga, a de Simonini e Ladurner (Fungi Europaei), onde o uso é de Xerocomus, e onde algumas das espécies são descritas como tendo porte boletóide. Pior, nada menos que 9 espécies no Index Fungorum não estão sinonimizadas para o género Boletus, vá-se lá saber porquê! (bem, no caso de X. chrysonemus compreende-se, pois ainda não deve existir a proposta do nome dentro dos Boletus — é como eu disse, estamos num PREC, primeiro que a casa fique arrumada ainda falta bastante).

Foi neste ponto que teve de entrar a flexibilidade e o sentido prático. As chaves, fi-las para uso no campo, tendo em conta que os livros mais provavelmente disponíveis para os eventuais utilizadores são guias que usam o nome Xerocomus (uma excepção bem notória é o guia de INCAFO); e a utilização deste nome neste âmbito durará durante bastante tempo, mesmo que a Nomenclatura fixe o uso de Boletus em vez de Xerocomus. Portanto, achei que seria demasiado radical e até obstrutivo da real utilidade prática assumir o rigor do uso recomendado, isto é, Boletus.

Agora, quando quero utilizar o nome correcto em comunicação científica, não há que hesitar, primeiro vejo no Index Fungorum e dificilmente mudo daí.

Só se fosse um especialista ou conhecesse literatura crítica sobre as espécies que tivesse de tratar, para detectar incongruências. Por exemplo, incomoda-me bastante que o estudo minucioso de Else Vellinga em 2003 sobre o género Chlorophyllum, onde ela argumenta convincentemente que Macrolepiota venenata não é sinónimo de nenhum outro, isto é, constitui uma espécie àparte dentro deste género, não esteja consagrado no Index Fungorum, que em vez disso só parece reconhecer a inclusão feita pela mesma autora em 2002 na espécie Ch. rhacodes, o que fez na altura sem dispor do material-tipo caracterizado por Marcel Bon. Não sei as razões, chateia-me bastante, mas desde quando isso afecta a elevada consideração que nos deve merecer o Index Fungorum?

Nunca o fez, no meu caso. As coisas na vida não são perfeitas, e na Sistemática ainda o são menos. Se alguma vez tiver de usar o nome deste cogumelo, usarei o nome que lhe foi dado por Bon, mesmo sabendo que não é válido por causa dum detalhe ridículo que a Vellinga apontou.

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estudo A eterna actualização dos nomes científicos

Mensagem  Polecat Qui 31 Dez 2009, 00:56

A eterna actualização dos nomes científicos, ou terá os dias (como quem diz, décadas) contados?

Boas!

Tanto já foi exposto e debatido pelo Pedro Claro e pelo Loco Gato, que pouco mais me resta fazer senão agradecer aos dois por publicar em português tal discussão e pontos de vista, elucidará e ajudará muitos interessados daqui para a frente cheers

Ainda assim, gostava de dar algum contributo ao tema, já que se adequa perfeitamente à minha ocupação nos dois últimos dias, uma Psathyrella!

Ao que parece, segundo Vašutová et al. e outros, o Género Psathyrella apresenta algumas inconsistências taxonómicas dado que os caracteres morfológicos (macro e micro) utilizados para definir espécies, não conseguem por si só delimitar grupos (secções, subsecções etc) filogeneticamente, ou seja, existem (ou existiam em 2007) algumas secções polifiléticas do Género Psathyrella . Mais, a própria "jovem" Família Psathyrellaceae parece estar ainda filogeneticamente mal arrumada em termos de géneros.

Não será de espantar que num relativo curto espaço de tempo hajam mais mudanças significativas nas Psathyrellaceae. Tudo porque características "agrupantes" como a forma dos cistídios ou a dimensão dos esporos, não reflectem as proximidades genéticas que são as "verdadeiras" (pelo menos filogeneticamente falando).

Claro que ninguém será crucificado e quase todos hão-se perceber quando se falar em Coprinus atramentarius.


Boa continuação Wink
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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Qui 31 Dez 2009, 12:43

Polecat escreveu:características "agrupantes" como a forma dos cistídios ou a dimensão dos esporos, não reflectem as proximidades genéticas que são as "verdadeiras" (pelo menos filogeneticamente falando).
Não há possibilidade de afirmar a priori o que constitui um carácter prioritário para os critérios de agrupamento. Foi sempre essa a pecha das taxonomias clássicas, e o que o DNA, mais "objectivo", veio revelar, especialmente com fungos e microorganismos, é que os caracteres eram quase sempre outros, que não os tradicionalmente escolhidos. Por isso as classificações tinham de ser revistas, e por isso também se foi percebendo que havia sempre caracteres morfológicos e anatómicos que corroboravam os novos agrupamentos (muito importante!).

Entre eles, constata-se que em fungos as características dos esporos (não tanto as dimensões) têm sido dos tais caracteres que acabam por revelar-se consistentemente relevantes para as classificações supra-genéricas. Isto faz-me ainda admirar mais guias como o de Marcel Bon, que mostram para quase cada espécie os detalhes microscópicos dos esporos.
Claro que ninguém será crucificado e quase todos hão-se perceber quando se falar em Coprinus atramentarius
Crucificado, claro que não, mas há maneiras mais subtis de "crucificar" na comunidade científica. Pessoalmente recomendo que, mesmo entre amadores, se ajustem aos novos usos. É um bom exercíco traduzir mentalmente os que está nos guias e outras obras relativamente "antigas". Entre outros argumentos, ajudará a que sejam respeitados pelos micologistas profissionais quando precisem de dialogar com eles.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Qui 31 Dez 2009, 16:57

Agradeço ao Paulo o trabalho de sistematização e o esclarecimento de potenciais dúvidas (mais uma vez).

Não me parece, no entanto, que as nossas divergências sejam motivadas por falta de informação (eu tenho a 9ª edição do Dictionary of Fungi, por exemplo, e consulto com regularidade o Index Fungorum - ao contrário do que possa ter sido entendido das minhas palavras), mas sim por diferentes formas de encarar as coisas. Não quero com isto dizer que eu é que tenho razão, como é evidente, mas o Index Fungorum para mim é mais um recurso, não O recurso último.

Sempre que tenho monografias de qualidade científica (por exemplo, os livros da série Fungi Europaei ou outras de autores reconhecidos ou cujos trabalhos sejam sérios) ao meu dispor, essas são a minha referência primeira no que diz respeito à nomenclatura e taxonomia. Por exemplo, ando agora entretido a ler de forma mais ou menos sequencial a monografia relativa ao género Amanita (em rigor, a Amaniteae, ou seja os géneros Amanita, Torrendia e Limacella), de Neville e Poumarat, leitura essa que estou a 'traduzir' numa chave dicotómica para este género (e que, quando terminada, colocarei ao dispor do fórum), e que me permite compreender de forma clara e aprofundada não só a nomeclatura do género como a taxonomia e a sistemática - portanto, de uma forma muito mais completa do que aparece no I. F. E, no que diz respeito a este género, e com o devido respeito pelo I. F., pelo Paulo e pelo sr. Kirk, a minha referência primeira é o volume 9 da série Fungi Europaei. E por uma razão muito simples: uma monografia actual como esta (e, tanto quanto sei, com actualizações constantes até, pelo menos, há bem pouco tempo, uma vez que o recente desaparecimento de Pierre Neville pode ter alterado esta dinâmica) reflecte um tratamento exaustivo, abrangente, dedicado de um género (ou sub-género, ou tribo, ou família, ou grupo de géneros) e transmite uma linha organizativa integradora - portanto, coerente. Não tem grande sentido usar 2, 3, 4 ou mais perspectivas de diferentes autores para um mesmo género, atribuindo de forma mais ou menos aleatória razão ora a um ora a outro... Numa monografia, temos um sistema que não é perfeito, claro, como não é o I.F., mas é organizado e, sobretudo, coerente.

Como já referi algumas vezes, eu uso o I.F. frequentemente como referência, mas não como se fosse uma bíblia (que também não uso por ser ateu - mas a analogia é compreensível assim) e sempre que ocorre uma mudança de nomenclatura, não a uso de forma dogmática, sem perceber o que motivou essa alteração e qual a fundamentação para ela. Compreendo perfeitamente as mudanças nos géneros Coprinus e Collybia, por exemplo (até tenho o trabalho de Antonin e Noordeloos que originou a revolução no género Collybia), que já uso para mim (embora por vezes não use nas mensagens no fórum - ou use dando os anteriores nomes também - precisamente para não baralhar as coisas para os mais iniciados), mas neste momento não estou preparado para aceitar Leccinellum, por exemplo, ou ainda a integração de algumas espécies de Cantharellus no género Craterellus... Da mesma forma que adoptei sem reservas o género Xerocomus (segundo Ladurner & Simonini - Fungi Europaei vol. 8 ), ignorando mais uma vez o I.F., porque a argumentação daqueles dois autores me parece perfeitamente bem sustentada, apesar da 'feroz' oposição, sobretudo, da escola britânica. Pode o Paulo chamar teimosia a esta perspectiva - e se calhar com razão -, mas até ao momento não vi razões suficientemente fortes para a mudar. E esta perspectiva é, recordo, de que o I.F. é um recurso válido, extremamente útil e de acesso rápido e simples - mas não mais do que isso. Smile

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Qui 31 Dez 2009, 20:54

Pedro Claro escreveu:o I.F. é um recurso válido, extremamente útil e de acesso rápido e simples - mas não mais do que isso. Smile
Isto contrasta um pouco com a afirmação que me fez reagir:
alguns termos usados no Index fungorum são, no mínimo, de considerar com precaução
De resto, tenho mais três comentários: i) não há recursos "últimos" em taxonomia (nem sequer as filogenias moleculares, cf. citação que fiz de Redhead), há na melhor das hipóteses recursos favoritos; ii) as próprias monografias também precisam de sancionamento, e o exemplo que dei relativamente a Macrolepiota venenata tipifica (aparentemente) um não-sancionamento; e iii) quanto à comunicação entre o pessoal do forum, já me felicito bastante com o facto de ser genericamente aceite o uso da nomenclatura científica, mas para mim falta a preferência por usá-la na forma actualizada e, pelo menos dentro duma medida razoável, apresentarem-se sinonímias quando seja caso disso.

Entretanto também tratei de ver que argumentos sustentam a separação de seis espécies anteriormente pertencentes a Leccinum num novo género Leccinellum.

A obra que fez esta proposta é, segundo o boletim da BMS, um livro da Sociedade Botânica de Ratisbona, publicado em 2003, intitulada mais ou menos "Contributos para uma micoflora da Alemanha". Mas parece ser sancionado pelo cuidadoso estudo de Binder e Hibbett, de 2006, publicado na revista Mycologia, disponível de graça (link), e de cuja figura suplementar, que é uma detalhada filogenia dos espécimes examinados, extraí a seguinte imagem:
A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos Leccinellum
Reitero que é um estudo muito cuidadoso, por taxonomistas experientes. Note-se a separação clara em dois ramos bem definidos (já agora, os ramos com espessura dupla são os mais "fortes" estatisticamente, e os logo a seguir têm números entre 0,90 e 0,97).

Mesmo neste pequeno excerto se percebe como é complicada a nomenclatura, com o secotióide Chamonixia misturado entre os Leccinellum, e um grupo de "Boletus" semeado lá ao pé. Noutras partes vê-se o género Xerocomus claramente polifilético, repartido em três grupos bem separados (grupo subtomentosus, grupo moravicus+impolitus, e os restantes bem agrupados, só com o badius e provavelmente o rubellus "fora do baralho"). Vê-se "Boletus" por todo o lado, e o meu vaticínio é que podemos esperar uma explosão de géneros a acabar em ...boletus, ou então a inclusão de vários "Boletus" em géneros pré-existentes. No caso dos Xerocomus, chegará o dia em que fica apenas restrito a um pequeno grupo (o que, a manter-se a tradição, seria os do atípico X. subtomentosus, mas aí teria que incluir membros de Boletellus, entre outros) e se volta atrás na sugestão de "nome correcto" ser Boletus (apesar do que diz o Index Fungorum hoje).

Nestas buscas vi um exemplo sintomático. Se tivessem consultado o Index Fungorum, os autores da lista em http://www.mushroomthejournal.com/coma/checklists/2009.pdf evitariam fazer figura menos boa, pois há duas contradições ao listarem
Leccinellum rugosiceps (Pk.)Sing.
Leccinum albellum (Peck) Singer
Leccinum holopus (Rostk.)Watl.
Leccinum scabrum (Bull.:Fr.)S.F.Gray
Leccinum snellii Sm.,Thrs.&Watl.

Segundo o Index Fungorum, o epíteto albellum deveria atribuir-se a Leccinellum, enquanto Leccinellum rugosiceps se ficaria por Leccinum rugosiceps (Peck) Singer (1945), que permanece porém como designação provisória (link azul), tal como Leccinum snellii.

Só para rematar, gostava que registassem o artigo clássico de Vellinga & Cª de 2003, em que o Macrolepiota rhacodes aparece por uma última vez, pois é nesse artigo que se sugere a sua inclusão (com vários outros) no género Chlorophyllum. Mais uma árvore filogenética:

A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos Agaricusmacroplepiotai
Também aqui se perceberá como é complicado diferenciar o género Leucoagaricus, cuja linhagem aliás parece nesta árvore pouco consistente, dos seus vizinhos (eu ainda não tenho critérios objectivos, mas enfim, se vir ansas de anastomose já sei que não é).

E nota-se na conclusão do artigo a proeminência de caracteres microscópicos (esporos nomeadamente). Espero que ajude a que se perceba que em geral as propostas de revisão sistemática motivadas pelas análises moleculares, feitas por micologistas competentes e honestos, são muito bem sustentadas; os seus autores antes de mais vêm com essas comunicações manifestar a sua perplexidade sobre como mal classificados andavam os cogumelos, ou antes como os cogumelos andaram a fintar os micologistas até que o DNA começou a revelar os parentescos menos óbvios. O nosso amigo Index Fungorum limita-se a ir atrás, não se adianta. Por isso eu digo que por vezes é até muito parcimonioso.

Um Bom Ano 2010 ao nosso MicoPortugal!

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  *ento*loma* Sex 15 Jan 2010, 21:41

Boas,
Só agora é que vi este tópico (e apenas graças ao aviso do Polecat...) e já tão desenvolvido... ainda estou a digerir toda a discussão, mas quero desde já deixar alguns breves comentários.

Em relação à situação do Index Fungorum = Biblia taxonómica e nomenclatural dos Fungos.
Nunca vi no indexfungorum explicitado CORRECT NAME como o Pedro mencionou (ainda que entre aspas e também fora delas...) em vários posts desta discussão, aliás parece-me até um mecanismo de cautela em que o nome ACEITE GLOBALMENTE, segundo as mais recentes evidencias publicadas, aparece sob a desiganção de CURRENT NAME. Apesar de parecer apenas um detalhe mostra que a situação está bem longe de estática (como já foi mencionado na discussão) e que com novas pesquisas podem surgir "novos, velhos nomes" que devem ser usadas, de forma a fazer juz a quem de direito Wink e/ou aproximar-se cada vez mais duma classificação/sistemática que reflicta a história evolutiva dos seres (neste caso Fungos).

Não percebi o sancionamento automático da obra de Fries mencionado pelo Pedro, será que me podes explicar que estatuto é esse detido pela obra de Fries?

No ultimo post desta discussão pelo Loco Gato, em que menciona a menos boa figura feita pelos autores duma lista de espécies, no que diz repeito a Leccinellum e Leccinum. Apesar de não ter lido o artigo do principio ao fim, segundo a arvore filogenética apresentada Leccinum rugosiceps está numa posição (filogenética) em que parece claro poder afirmar-se que se trata dum Leccinellum, contudo o facto dos autores não o terem assumido é um claro sinal que algo se passa com este taxon... assim nesta caso creio que é necessário mais caultela no julgamento dos autores e de facto NÃO tomar o Index Fungorum como A BIBLIA...

Abraço

*ento*loma*
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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Sáb 16 Jan 2010, 16:05

Quanto ao Index Fungorum, o termo que consta é, efectivamente, CURRENT NAME e não, como erradamente referi, CORRECT NAME. Foi um lapso meu, motivado provavelmente pela interpretação que fiz, de que "Current name" (ou nome actual) seria o nome globalmente aceite quando, na realidade, nem sempre isso acontece e, por isso, dei um sentido "impositivo" (CORRECT) à designação do epíteto apontado como actual pelo I.F.

Quanto à obra de Fries, retiro alguns excertos do Dictionary of the Fungi (editado, entre outros, pelo sr. Kirk), 9ª edição, para melhor explicar a minha argumentação.

Como se sabe, existem regras para atribuir nomes aos fungos (sob a forma do International Code of Botanical Nomenclature - Código Internacional de Nomenclatura Botânica) e que, "in determining the correct name for a taxon", devem ser seguidos 5 passos:

1 - Publicação Efectiva (do nome do taxon);
2 - essa publicação tem que ser Válida, seguindo uma série de preceitos que não interessa referir aqui, caso contrário trata-se de nomen invalidum;
3 - tem que existir uma Tipificação do taxon (sob a forma, normalmente, de exemplares secos - exsiccata - ou, em casos específicos, poderá ser suficiente uma descrição e/ou ilustração);
4 - o nome tem que ser Legítimo, ou seja, não ir contra determinados pressupostos do CINB (ser um nome supérfluo ou um homónimo), caso contrário trata-se de um nomen illegitimum;
5 - tem que ser Prioritário.

E é precisamente neste 5º passo que reside a questão. Como regra geral, "the correct name (i.e. name in accordance with the Code) of a species is the combination of the earliest available legitimate epithet in the same rank with the correct generic name". Por outras palavras, e dando o exemplo apenas de uma determinada espécie, terá prioridade a mais antiga publicação válida dessa mesma espécie, sendo as restantes consideradas sinónimos. Um exemplo concreto (recorrendo ao Index Fungorum):

Amanita caesarea foi descrita pela primeira vez por Scopoli em 1772 (como Agaricus caesareus) e reagrupada no género Amanita por Persoon em 1801. O epíteto 'caesarea' tem prioridade sobre qualquer outro produzido posteriormente para identificar este taxon (nomeadamente Agaricus aurantiacus Bulliard 1783, Agaricus aurantius Bulliard 1782-1783 ou Agaricus aureus Batsch 1783).

Porém, para evitar mudanças desnecessárias, definiu-se uma data precisa para o início das publicações a considerar. Assim, "the starting point for botanical nomenclature is [...] 31 Dec. 1801 (Persoon, Synopsis methodica fungorum) for Gasteromycetes (s.l.), Uredinales and Ustilaginales; and 1 Jan. 1821 (Fries, Systema mycologicum 1)". Aliás, o próprio ICBN assim o define no artigo 13º:

"13.1. Valid publication of names for plants of the different groups is treated as beginning at the following dates (for each group a work is mentioned which is treated as having been published on the date given for that group):

[...]

d. FUNGI (including slime moulds and lichen-forming fungi), 1 May 1753 (Linnaeus, Species plantarum, ed. 1). Names in the Uredinales, Ustilaginales, and Gasteromycetes (s. l.) adopted by Persoon (Synopsis methodica fungorum, 31 December 1801) and names of other fungi (excluding slime moulds) adopted by Fries (Systema mycologicum, vol. 1 (1 January 1821) to 3, with additional Index (1832), and Elenchus fungorum, vol. 1-2), are sanctioned (see Art. 15)."

Mais à frente vêm esclarecidas as consequências de um sancionamento:

"15.1. Names sanctioned under Art. 13.1(d) are treated as if conserved against earlier homonyms and competing synonyms."

Portanto, é minha interpretação que qualquer epíteto constante em qualquer uma das obras sancionatórias de Fries (Systema mycologicum 1, 2 e 3; Index; Elenchus fungorum 1 e 2) tem prioridade sobre qualquer homónimo ou sinónimo anterior, ainda que publicado validamente.

Estranho, portanto, que em determinada altura o I. F. tenha aprensentado como 'current name' do actual Craterellus lutescens o epíteto aurora (como Cantharellus aurora), uma vez que, e segundo o próprio I. F.:

"Synonymy:
Agaricus aurora Batsch, Elench. fung. (Halle): 93 (1783)
Cantharellus aurora (Batsch) Kuyper, Riv. Micol. 33(3): 249 (1991) [1990]
Cantharellus lutescens Fr., Syst. mycol. (Lundae) 1: 320 (1821)"

Ou seja, apesar de Batsch ter publicado a descrição de Agaricus aurora em 1783, segundo os artigos 13.1 e 15.1 do CINB, o epíteto correcto (correcto segundo a própria terminologia do CINB) nunca poderia ter sido Cantharellus aurora!

Por esta razão reafirmo sem modificar uma vírgula que o I.F. é, efectivamente, uma excelente fonte de informação (como é possível de ver nesta mesma resposta que eu estou a escrever), mas as conclusões que apresenta quanto ao 'Current name' devem ser encaradas com precaução - e estas duas afirmações não são contraditórias nem contrastam uma com a outra: há a vertente informativa do I.F. (o levantamento de todos os sinónimos e de todas as publicações em relação aos diferentes epítetos) - que é de inestimável utilidade -, e há a vertente normativa (o 'current name' que soa a 'correct name', apesar de contradizer, inclusivamente, o efectivamente normativo disposto no ICBN) - que deve ser digerida com algumas pedrinhas de sal.

Pedro Claro
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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  *ento*loma* Sáb 16 Jan 2010, 20:29

Obrigado pela explicação Pedro, de facto não tinha conhecimento da existencia duma data/obra como base do inicio da taxonomia, e para ser sincero considero um desrespeito para com todos os micologos/taxonomistas que antecederam essa obra... mas seguramente é mais pratico estabelecer um principio...

Quanto à validação do nome ou current name Cantharellus aurora parece-me que se deveu a um erro que NÃO se deveu ao Index Fungorum ou ao Dr. Paul Kirk, mas sim aos editores da revista (que eu não consegue descobrir qual é o nome completo...) que autorizarão a publicação do artigo de repescagem do nome pelo Dr. Tom Kuyper. Assim não creio que o Index Fungorum tenha feito um grande erro.
Não quero nem imaginar a quantidade de trabalho que o Dr. Paul Kirk tem com o Index Fungorum, uma vez que trata de todo o Reino Fungi e basicamente ser apenas ele a tomar conta de toda a situação...

E sem dúvida que concordo ctg Pedro, o Index Fungorum é um excelente referencia, mas necessita como todas as referencias da devida interpretação e adequada utilização. Mas também concordo com o Loco Gato na utilização de uma referencia por excelencia sempre com as devidas idicações, de forma a facilitar a mútua compreensão e neste campo o Index Fungorum tem um grande ponto a favor está online, é de livre acesso, e a qualidade é da informação é no mínimo excelente!!! Também concordo com o Loco Gato na utilização dos nomes consensuais, mais actuais possiveis... se assim não fosse ainda andavamos na era do Dr. Fries e do seu super Género Agaricus...

Deixo aqui para quem quiser o acesso ao mais recente Código Internacional de Nomenclatura Botanica, também conhecido por Vienna code

Abraço

*ento*loma*
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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Seg 18 Jan 2010, 05:03

*ento*loma* escreveu:No ultimo post desta discussão pelo Loco Gato, em que menciona a menos boa figura feita pelos autores duma lista de espécies, no que diz repeito a Leccinellum e Leccinum. Apesar de não ter lido o artigo do principio ao fim, segundo a arvore filogenética apresentada Leccinum rugosiceps está numa posição (filogenética) em que parece claro poder afirmar-se que se trata dum Leccinellum, contudo o facto dos autores não o terem assumido é um claro sinal que algo se passa com este taxon... assim nesta caso creio que é necessário mais caultela no julgamento dos autores e de facto NÃO tomar o Index Fungorum como A BIBLIA...
Obrigado pelo reparo, não tinha visto que essa espécie estava na filogenia que transpus. A minha interpretação é um bocado diferente: Leccinum rugosiceps não terá sido proposto como fazendo parte dos Leccinellum no trabalho que estabeleceu este género (o de 2003), e por isso nem no artigo de Binder e Hibbett (o da árvore, 2006), nem no Index Fungorum (2009), é-lhe colocado o nome Leccinellum. Se estou correcto nesta interpretação, atesta-se aqui como o Index Fungorum, dentro do que é possível, se atém à tradição e evita avançar nomes que não tenham sido propostos formalmente. A colocação desta espécie nos Leccinellum é fortemente sugerida pela árvore de Binder & Hibbett (0.93), mas isso não chega, segundo as regras da Nomenclatura. Daí que os que fizeram a lista é que se adiantaram, não sei se até o terão feito de propósito, mas mesmo assim é melhor, à cautela, ficarem-se pelo que está "estabelecido" no Index Fungorum.


Última edição por Loco Gato em Seg 18 Jan 2010, 05:03, editado 1 vez(es) (Motivo da edição : faltava um d)

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Seg 18 Jan 2010, 06:15

Pedro Claro escreveu:o I.F. é, efectivamente, uma excelente fonte de informação (como é possível de ver nesta mesma resposta que eu estou a escrever), mas as conclusões que apresenta quanto ao 'Current name' devem ser encaradas com precaução
É uma questão de semântica, Pedro: dizer "no mínimo" sugeria que, mais do que a normal precaução a ter em todos os aspectos, havia uma desconfiança, ou algo parecido com desautorizar o Index Fungorum. Assim o li e assim julgo que muitos leriam, o que não só é injusto como é até pernicioso. O sentido de rigor do Index Fungorum expressa-se precisamente em ficar-se por nomes "actuais" (current), atestando que são prováveis, mas não estabelecidos (quanto ao que fica estabelecido, pura e simplesmente não leva alternativas).

Como já se disse, o exemplo de Cantharellus aurora parece ser uma anomalia que pode ter várias explicações, uma delas possivelmente a da revista como foi dito pelo *ento*loma*. Eu tinha outra, que refreei-me de avançar por não ter à disposição códigos anteriores a 1994: e se em 1990 a regra de sancionamento por Persoon ou por Fries não fosse ainda válida, ou melhor, mandatória? É um pouco o que sugere a seguinte citação do prefácio do Tokyo Code, de 1994:

The Tokyo Congress was noteworthy in that conservation of species names and rejection of any name that would cause a disadvantageous nomenclatural change were both accepted by an overwhelming majority on a show of hands. Those who remember the narrow majorities by which conservation of names of species of major economic importance and names which represent the type of a conserved generic name were approved at Sydney and Berlin, respectively, will recognize the fundamental change that took place in botanical nomenclature at Yokohama. The Code is no longer a handicap but an encouragement to the maintenance of nomenclatural stability (see also Greuter & Nicolson in Taxon 42: 925-927. 1993).

The restrictions on conservation of specific names have, therefore, been removed from Art. 14.2, and conservation of the names of species, as for families and genera, now simply "aims at retention of those names which best serve stability of nomenclature".
Se for verdadeira esta minha suposição, fica explicado porque em 1990 se podia propor C. aurora; mas não deixo de concordar que a devida correcção para C. lutescens nom. cons. devia ter sido feita, na medida do possível, logo após a entrada em vigor dessa edição do código — mas aí vem a pergunta: em quantas espécies isso teve de ser feito? E já agora, onde estavam os especialistas das Cantharellaceae (Kuyper incluído) para assinalarem este caso? O "possível" se calhar não é melhor que isto. Se há coisa imperfeita dependente de cientistas imperfeitos, é a Sistemática. É mais importante estar aberto e atento às mudanças (muitas, demasiadas, mas necessárias) do que cultivar uma distância em relação a quem procura, e tão bem, acompanhar estes ominosos tempos.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Seg 18 Jan 2010, 09:20

@ Loco Gato:

As minhas reservas em relação ao I.F. mantêm-se e são apenas no que diz respeito ao que esta base de dados considera como 'Current Name' de algumas espécies. Consequentemente, mantenho tudo o que disse ao longo desta discussão no que diz respeito, estritamente, a esta questão. Não existe desconfiança em relação ao I.F. - tão somente entendo que não se pode nem se deve considerar o I.F. como a única fonte para a obtenção dos nomes válidos (ou actuais) das espécies. No entanto, e para que não restem dúvidas, volto a referir a extrema importância do I.F. como base de dados nomenclatural.

Quanto à questão Cantharellus, o ponto essencial não é a publicação do trabalho de Kuyper mas sim a apresentação no I.F. do epíteto 'Cantharellus aurora' como 'Current' há, no máximo, 1 ou 2 anos. Nessa altura já o último código (de Viena) estava em vigor e, por isso, parece-me incompreensível que o I.F. tenha apresentado como 'Current' um epíteto que, segundo as regras desse mesmo código, nunca poderia ser válido. Não sei se será caso único, mas foi um caso que eu detectei e do qual não tenho dúvidas, embora acredite que existam outras situações, o que não será de todo anormal, face à quantidade de informação com que lida o sr. Kirk. Por outras palavras, é normal que existam erros - e por isso é normal que seja necessária uma perspectiva crítica em relação ao I.F., que não pode ser encarado de forma dogmática.

@ *ento*loma*

Não partilho da tua opinião que o estabelecimento da obra de Fries como o ponto de partida para a nomenclatura dos fungos é um desrespeito pelos anteriores autores, pelas seguintes razões:

1 - Fries foi, antes de mais, um extraordinário sistemático e incorporou no seu trabalho a quase totalidade das publicações micológicas que existiam na sua época (lembro que estavamos no início do século XIX - não existia, obviamente, Internet, nem seria tão fácil como nos dias de hoje ter acesso a todas as obras publicadas). Evidentemente que alguns trabalhos não foram considerados - provavelmente por desconhecimento, o que não é de estranhar pois há obras que só hoje em dia (mais de dois séculos depois) estão a ser analisadas (como o prova a publicação de 'Cantharellus aurora' pelo Kuyper, com base numa obra de 1783).

2 - A razão essencial já foi referida por ti: a necessidade de estabilizar a nomenclatura. Se não fosse assim, assistiriamos a uma mudança permanente (para além de desnecessária e contraproducente) de vários nomes.

3 - Foi sobretudo com Fries que se deu um enorme salto em frente tanto na descrição pormenorizada e exaustiva das espécies como na ilustração técnica (tendo em atenção os aspectos relevantes para a identificação) - basta referir que as ilustrações constantes nos trabalhos de Fries foram supervisionados por ele próprio e não simplesmente atribuídos a um ilustrador que poderia fazer o seu trabalho com total liberdade (e não necessariamente com total rigor científico). Tenho sérias dúvidas que seja possível pegar em muitas das obras pré-friesianas e interpretar correctamente as descrições (muitas vezes sucintas e pouco claras) das espécies que lá constam ou as ilustrações que acompanham essas descrições.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  *ento*loma* Sex 22 Jan 2010, 16:07

Olá Pedro,

Tens razão em tudo o que dizes sobre o Dr. Fries, mas isso não altera em nada o que mencionei previamente. Se existem dados suficientes que indiquem convincentemente que uma espécie já tinha sido descrita, e pura e simplesmente se ignora esse facto, devido ao sancionamento de uma obra, por maior excelência que essa obra possua, não se está a respeitar o trabalho desempenhado nem a prestar o tributo devido a quem de direito! ainda que seja em prol da ciencia!

Não quero com isto retirar qualquer mérito a Elias Magnus Fries.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Sex 22 Jan 2010, 16:59

*ento*loma* escreveu:Se existem dados suficientes que indiquem convincentemente que uma espécie já tinha sido descrita, e pura e simplesmente se ignora esse facto, devido ao sancionamento de uma obra, por maior excelência que essa obra possua, não se está a respeitar o trabalho desempenhado nem a prestar o tributo devido a quem de direito! ainda que seja em prol da ciencia!

Não quero com isto retirar qualquer mérito a Elias Magnus Fries.
A regra é polémica, sem dúvida, e já agora também se aplica ao sancionamento por Lineu e sobretudo por Persoon. Se algum deles cá viesse, se calhar até teria como reacção espontânea dizer «eu não mereço tal». Mas, depois de se lhe explicar a confusão em que têm andado todas as nomenclaturas (em que o bom trabalho de alguns desses pioneiros se dilui num quadro colectivo marcado por uma maioria de trabalhos de má qualidade, que motivaram esta regra do sancionamento), acabariam por perceber e subscrever, mas também ressalvar que não fora intenção de nenhum deles sobrepor-se ao trabalho que os precedeu.

Mas não estão cá, e em todo o caso o que tivessem a dizer seria reverentemente secundário. O que se deve retirar de todo este debate é que, na arte da Sistemática, todos beneficiamos de vermos as coisas com flexibilidade e sermos capazes de abdicar de pré-concepções.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Loco Gato Sex 22 Jan 2010, 17:15

Pedro Claro escreveu:Quanto ao Index Fungorum, o termo que consta é, efectivamente, CURRENT NAME e não, como erradamente referi, CORRECT NAME. Foi um lapso meu, motivado provavelmente pela interpretação que fiz, de que "Current name" (ou nome actual) seria o nome globalmente aceite quando, na realidade, nem sempre isso acontece e, por isso, dei um sentido "impositivo" (CORRECT) à designação do epíteto apontado como actual pelo I.F..
Não foi lapso. Current parece aplicar-se ao nível da espécie (epíteto), mas ao nível de género é correct. Não me perguntem porquê, nem me importo minimamente com isso.

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estudo Re: A relevância do IndexFungorum na Taxonomia de Macrofungos

Mensagem  Pedro Claro Sex 22 Jan 2010, 23:35

Loco Gato escreveu:
Pedro Claro escreveu:Quanto ao Index Fungorum, o termo que consta é, efectivamente, CURRENT NAME e não, como erradamente referi, CORRECT NAME. Foi um lapso meu, motivado provavelmente pela interpretação que fiz, de que "Current name" (ou nome actual) seria o nome globalmente aceite quando, na realidade, nem sempre isso acontece e, por isso, dei um sentido "impositivo" (CORRECT) à designação do epíteto apontado como actual pelo I.F..
Não foi lapso. Current parece aplicar-se ao nível da espécie (epíteto), mas ao nível de género é correct. Não me perguntem porquê, nem me importo minimamente com isso.

Agora fiquei baralhado... silent Não que isso tenha grande importância, claro...

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